W 1952 roku rozpoczął naukę gry na skrzypcach u swego ojca Zygmunta Wilkusa, którą to w 1954 r. przerywał. Kontynuował jednak u ojca naukę teorii muzyki.

Od 1954 r. rozpoczął naukę gry na fortepianie u swojej ciotki Stefanii Idzińskiej. W swoje 14. urodziny w 1961 r. (niedziela) po raz pierwszy zasiadał przy organach w kościele pw. Najświętszego Zbawiciela w Poznaniu, wykonując po mszy św. utwór J. Haydna „Introdukcja” do oratorium „Siedem Słów Chrystusa”.
W 1961 r. rozpoczął naukę w Technikum Ekonomicznym im. St. Staszica w Poznaniu. Będąc w I klasie Technikum Ekonomicznego, w trzecią niedzielę stycznia 1962 rozpoczął służbę muzyczną w Kościele. Od lutego 1962 rozpoczyna naukę gry liturgicznej na organach u organisty oo. Franciszkanów p. Jordana Klimka. W marcu 1962 w wieku 15 lat zostaje drugim organistą kościoła oo. Franciszkanów Conv. jako asystent i zastępca p. Jordana Klimka oraz akompaniator scholi dziewczęcej, chóru mieszanego studenckiego pod dyr. Leszka Bajona i chóru męskiego – zespołów działających przy kościele oo. Franciszkanów. W tym też czasie uczęszcza na naukę gry literatury organowej do organisty kościoła Księży Pallotynów w Poznaniu p. Zenona Schuberta. W sierpniu 1962 od odpustu Przemienienia Pańskiego (6 VIII) zostaje organistą niedzielnym kaplicy szpitalnej pw. Przemienienia Pańskiego, prowadzonej przez Siostry Szarytki Św. Wincentego a Paolo.

W latach 1964-1966 przygotowuje się do podjęcia nauki w Państwowej Średniej Szkole Muzycznej w Poznaniu, pobierając prywatne lekcje gry organowej u prof. Stanisława Tomaszewskiego. W 1965 r. zdaje egzamin wstępny do IV klasy PŚSM z wynikiem celującym, ale nie dostaje się w poczet uczniów ze względów ideologicznych jako organista grający w kościele oraz ze względu na przeszłość polityczną swojego ojca zaliczanego do kategorii „wrogów ludu” jak i matki, która była jednym z nielicznych żyjących i ukrywających się świadków transportu oficerów polskich do Katynia w 1939 r. Od komisji egzaminacyjnej słyszy słowa „zdałeś na ocenę celującą, ale nie zdałeś by się dostać do szkoły”. Po maturze w 1966 r. rozpoczyna studia w Wyższej Szkole Ekonomicznej w Poznaniu, którą kończy w 1970 r. W latach 1970-1972 pracuje na stanowisku asystenta w Zakładzie Ekonomii Politycznej Kapitalizmu w Instytucie Ekonomii Politycznej kierowanym przez prof. Wacława Wilczyńskiego. Z uczelni ekonomicznej zmuszony jest po szykanach ze względów politycznych – odmawia wstąpienia do PZPR – odejść i od 1 czerwca 1973 r. podejmuje pracę w Instytucie Zachodnim w Zakładzie Ekonomii. Po usilnych prośbach dyrektora muzycznego Archidiecezji Poznańskiej ks. inf. Gerarda Mizgalskiego zostaje zaangażowany przez Kapitułę Metropolitalną z dniem 31 grudnia 1973 na stanowisku organisty katedralnego.
W 1975 r. porzuca pracę naukową w Instytucie Zachodnim, tym samym ustają przeszkody natury polityczno-ideologicznej i teraz oficjalnie Krzysztof Wilkus może być zatrudniony na pełen etat jako organista katedralny ze wszystkimi świadczeniami socjalnymi, co następuje 1 stycznia 1976 r.
W 1977 r. uzyskuje z wynikiem bardzo dobrym dyplom Państwowej Szkoły Muzycznej II stopnia w klasie organów. Dwa lata później podejmuje studia w Państwowej Wyższej Szkole Muzycznej w Gdańsku na Wydziale Instrumentalnym w zakresie Pedagogiki Instrumentalnej w klasie organów prof. Leona Batora, które kończy w grudniu 1983 r.
Od roku akademickiego 1984/85 prowadzi wykłady zlecone w czteroletnim Studium Liturgiczno-Muzycznym przy Papieskim Wydziale Teologicznym w Poznaniu. Ze względu na włączenie Wydziału Teologicznego w struktury Uniwersytetu Poznańskiego, Studium przekształcone zostaje w Archidiecezjalne Studium Muzyki Sakralnej i tam nadal Krzysztof Wilkus prowadził zajęcia dydaktyczne. W latach 1975-1977 był wykładowcą muzyki kościelnej w Wyższym Seminarium Duchownym Zgromadzenia Księży Orionistów w Zduńskiej Woli. Zaangażowany był również w przygotowanie oprawy muzycznej i grę organową podczas pielgrzymek Jan Pawła II do Poznania w latach 1984 i 1997.
Od 1996 r. był członkiem Archidiecezjalnej Komisji Muzyki Kościelnej oraz rzeczoznawcą zespołu ds. organów i dzwonów Archidiecezji Poznańskiej. W latach 1997-2006 był twórcą i dyrektorem artystycznym festiwalu „Wronieckie koncerty muzyki organowej i kameralnej. 11.02.2011 r. otrzymał nominację Tytularnego Organisty Archikatedry Wniebowzięcia NMP i Św. Stanisława Bpa w Mohylewie na Białorusi.
W maju 2012 r. został poproszony do przyjęcia funkcji konsultanta ds. muzyki kościelnej Kościoła Rzymsko-Katolickiego i kościołów protestanckich komitetu organizacyjnego Międzynarodowego Festiwalu Muzyki Religijnej „Mahutny Boża” w Mohylewie na Białorusi. W tym samym czasie był twórcą i kierownikiem artystycznym festiwalu „Nowotomyskie koncerty organowo-kameralne u «Serca Jezusowego»” w Nowym Tomyślu.
W grudniu 2012 r. został członkiem Institut fuer hymnologische und musikethnologische Studiene w Kolonii. Krzysztof Wilkus był założycielem i kierownikiem artystycznym zespołu wokalno-instrumentalnego „Capella Pro Musica Sacra”.
Koncertował jako solista i kameralista w kraju i za granicą m. in. w Austrii, Belgii, Francji, Danii, Holandii, Niemczech, Szwecji, Wielkiej Brytanii, Hiszpanii, Węgrzech, Białorusi, Bułgarii i Ukrainie. Występował z koncertami organowymi na Międzynarodowych Kongresach Muzyki Sakralnej C.I.M.S. w Salzburgu (1974) i Bonn (1980) oraz na Międzynarodowym Kongresie Chorału Gregoriańskiego w Strasburgu w 1975 r., był cenionym w kraju i za granicą improwizatorem organowym.
Krzysztof Wilkus był członkiem krajowych i zagranicznych towarzystw muzyki kościelnej m. in.: Consociatio Internationalis Musicae Sacrae Ministerium Musicae Sacrae, Gesellschaft der Orgelfreunde e.V., Zarządu Towarzystwa Muzycznego im. F. Nowowiejskiego oraz członkiem honorowym Fundacji Muzycznej „Venite” we Wiedniu.
W Święto Niepodległości 2005 r. otrzymał medal Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego RP „Zasłużony dla kultury polskiej”. W uroczystość Św. Cecylii, 22.11.2008, ks. abp Stanisław Gądecki odznaczył Krzysztofa Wilkusa medalem „Optime merito Archidioecesis Posnaniensis”.

Tomasz Walenciak